Наибольшая активность МЦФПИН относится к периоду 1995 – 2000 гг., когда фонд проводил ежегодные конкурсы научных и образовательных проектов при финансовой поддержке Института «Открытое общество» (Фонда Сороса), Администрации Нижегородской области и Министерства промышленности, науки и технологий РФ (на паритетных началах). За эти шесть лет МЦФПИН поддержал на конкурсной основе 98 проектов в различных областях естественных и гуманитарных наук. В рамках этих проектов около 250 молодых нижегородских ученых, аспирантов и студентов получили индивидуальную финансовую поддержку (персональные гранты), более 100 известных специалистов из стран Европы, США, Японии, Южной Коpеи и ряда российских научных центров и университетов посетили Нижний Новгород для проведения совместных исследований и чтения лекций. По результатам выполненных проектов были опубликованы около 300 статей в профильных научных журналах и трудах конференций. Наибольшее число проектов МЦФПИН было реализовано в ННГУ (32 проекта), ИПФ РАН (21 проект), ИМХ РАН (11 проектов), ИФМ РАН (9 проектов), НГМА (7 проектов). Общее финансирование МЦФПИН в 1995 – 2000 гг. составило 564 000 дол.. США в рублевом эквиваленте. Несмотря на относительно скромный бюджет, конкурсная деятельность МЦФИН, по общему признанию, была не только эффективной, но и уникальной в масштабах страны.      
Яркими примерами международных проектов, реализованных при поддержке МЦФПИН и послуживших стимулом для дальнейшего развития совместных исследований и образовательных инициатив, могут служить такие проекты как «Коллективные процессы при взаимодействии мощного лазерного излучения с плазмой» (ИПФ РАН, приглашенные ученые – проф. Н. Фиш и д-р Г. Швец, Принстонский университет, США, проф. Ж.-М. Ракс, Университет Парижа, Франция), «Тонкие пленки металлокомплексов» (ИМХ РАН, приглашенные ученые – проф. Д. Вёрль, Университет Бремена, Германия и проф. А. Помбейро, Университет Лиссабона, Португалия – проект был поддержан на паритетных началах в рамках договора МЦФПИН с Университетом Бремена), «Изучение механизма регуляции уровня тромбопоэтина в сыворотке» (НГМА, приглашенный ученый – проф. М. Уппенкамп, Университет Майнца, Германия – проект был поддержан совместно МЦФПИН и Немецкой службой академических обменов (DAAD)), «Предотвращение и урегулирование политических конфликтов» (НГЛУ, приглашенные ученые – проф. П. Йоенниеми, Копенгагенский институт мирных исследований, Дания и проф. М.М. Лебедева, Московский государственный институт международных отношений), «Макроэкономика и теория экономических циклов для физиков (часть I) и экономистов (часть II)» (лектор – проф. Дж. Голдстин, США), «Новые технологии в лечении ожогов» (лектор – проф. Дж. Рименснайдер, Гарвардская школа медицины, США), «Академический курс лекций в области менеджмента качества» (лектор – проф. Х. Цубаки, Университет Цукуба, Япония).

Полный перечень проектов, реализованных при поддержке  МЦФПИН в 1995 - 2000 гг., приведен в информационном буклете, изданном в 2001 г.  

В последующие годы деятельность МЦФПИН была сконцентрирована в большей степени на реализации научно-организационных и научно-просветительских проектов, в том числе, проектов социальной направленности. С 2002 г. МЦФПИН выполняет совместную с ИПФ РАН программу «Социальная поддержка ученых и содействие научной деятельности ИПФ РАН», которая включает работу по проведению научных конференций, научных школ для молодых ученых, развитию социальной сферы института с ориентацией, прежде всего, на различные формы поддержки молодых сотрудников и профессиональной ориентации школьников. Примерами такой деятельности могут служить подготовка рабочего проекта 2-х этажного спального корпуса в Детском оздоровительном центре ИПФ РАН, организация олимпиад по астрономии и физике космоса для школьников (совместно с ИПФ РАН и ГОУ «Поволжский центр аэрокосмического образования») и ряда всероссийских научных конференций (совместно с ННГУ, ИПФ РАН,  Нижегородским филиалом ИМАШ РАН и другими учреждениями).