Фонд МЦФПИН учрежден в 1995 г. с целью поддержки инициативных научных и образовательных проектов нижегородских ученых с участием ведущих зарубежных и российских специалистов, научно-организационных мероприятий на базе нижегородских учреждений, научно-просветительских проектов и другой деятельности, ориентированной на развитие уровня научных исследований в Нижегородском регионе. Учредители МЦФПИН – Комитет по управлению государственным имуществом Нижегородской области (в настоящее время – Министерство инвестиций, земельных и имущественных отношений Нижегородской области), Институт прикладной физики Российской академии наук (в настоящее время – Федеральный исследовательский центр «Институт прикладной физики Российской академии наук») и Нижегоpодский государственный унивеpситет им. Н. И. Лобачевского (в настоящее время – Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского).

Наибольшая активность МЦФПИН относится к периоду 1995 – 2000 гг., когда фонд проводил ежегодные конкурсы научных и образовательных проектов при финансовой поддержке Института «Открытое общество» (Фонда Сороса), Администрации Нижегородской области и Министерства промышленности, науки и технологий РФ (на паритетных началах). За эти шесть лет МЦФПИН поддержал на конкурсной основе 98 проектов в различных областях естественных и гуманитарных наук. В последующие годы деятельность МЦФПИН была сконцентрирована в большей степени на реализации научно-организационных и научно-просветительских проектов, в том числе, проектов социальной направленности. С 2002 г. МЦФПИН выполняет совместную с ИПФ РАН программу «Социальная поддержка ученых и содействие научной деятельности ИПФ РАН», которая включает работу по проведению научных конференций, научных школ для молодых ученых, развитию социальной сферы института с ориентацией, прежде всего, на различные формы поддержки молодых сотрудников и профессиональной ориентации школьников.

Значительным этапом в деятельности МЦФПИН стало его участие в проведении в 2015 г. Фестиваля наук, искусств и технологий «ФеНИсТ – 2015. Эволюция» (совместно с Научно-просветительским центром «Знание – НН» и Нижегородским научным центром РАН). Научно-просветительское мероприятие такого масштаба проходило в Нижегородской области впервые, его суммарная аудитория насчитывала около 10 тысяч человек, к участию в лекционной программе и мастер-классах фестиваля были привлечены ведущие российские и зарубежные специалисты в различных областях знания (известные ученые и популяризаторы науки, искусствоведы, деятели культуры). В 2016 году МЦФПИН принял участие в организации крупной международной конференции «Рубежи нелинейной физики» (совместно с ИПФ РАН и НПП «Гиком»), участие в которой приняли около 200 ученых, в том числе, более 100 зарубежных ученых.